Klintebjergs historie er et stykke dansk, maritim kulturhistorie. Klintebjerg Havn har tidligere været udskibningshavn for Odense, før kanalen blev gravet.

Byen blev grundlagt i 1746. Dog var det først fra 1843, at der for alvor kom gang i byens udvikling med opførelsen af et stort pakhus på havnen, et cikoriebrænderi, kalkværk, saltværk, skallefabrik, eddikebryggeri, savværk og toldsted.

Efterhånden som kanalen till Odense Havn blev udbygget, mistede Klintebjerg sin betydning, og havnens nedtur tog for alvor fart i 1921, da sejlløbet ind til Odense var udbygget til 7,5 meter. Pakhuset på havnen nedbrændte i 1967.

Fjordens største ø, Vigelsø er en unik naturperle med et rigt fugleliv. I 1990 overtog staten øen og gennemførte et stort naturgenopretningsprojekt på øen, der ellers havde været brugt til intensiv dyrkning af afgrøder siden 1873. I dag er øen plantet til med træer og planter, der alle har været i Danmark siden stenalderen, og øen huser en naturskole og har et rigt fugleliv. Der sejler en lille færge, ”Lunden” ud til øen i sommerperioden.