Bogense gamle havn er anlagt 1828.

Østre mole var tidligere handelshavn og transporthavn. DFDS havde indtil ca. 1930 en dampskibsrute mellem København, Bogense og Vejle. Båden lå til ved dampskibshuset yderst på molen. Østre mole var også handelshavn.

På Vestre mole anlagde man fiskerihavnen med auktionshal, fiskeudsalg og røgeri. Yderst på molen lå et skibsværft. Aeromøllen inderst på molen er bygget i 1942 af F.L. Smidt til fremstilling af jævnstrøm for byens elektricitetsværk. Desuden var her gasværk, kalkværk og cementstøberi.